Harry Potter se entera de que un hombre peligroso, Sirius Black, se ha escapado de Azkaban y se rumorea qu busca a Harry. Con sus mejores amigos, Ron Weasley y Hermione Granger, Harry aprende los hechizos y las habilidades necesarias para hacerle frente a Black. Sin embargo, la verdad es que Black no fue el que asesinó a 13 personas hace 12 años, sino que el verdadero asesino fue Peter Pettigrew, que estaba oculto tras transformarse en la rata de Ron, Scabbers. Junto con el profesor Remus Lupin y Black, Harry, Ron, Hermione y desenmascaran a Pettigrew, pero él se escapa al final. Hermione utiliza un giratiempo y viaja con Harry a rescatar a Buckbeak, y a rescatar a Sirius Black del beso del dementor . Al igual que en la primera pelea, un Dementor agarra a Harry y trata de darle su beso, pero la versión del futuro de Harry conjura un Patronus y se inicia una segunda pelea.
El juego incluye un trailer de la película, duelos de magos, una galería y mucho más. Además, en la versión PS2 se puede utilizar una cámara de juguete EyeToy, lo que le permite jugar mini juegos, moviendo los brazos.
Una novedad es el hecho de que Ron y Hermione son personajes jugables en este juego. No se puede jugar un personaje a través de todo el juego, sino que automáticamente diferentes personajes son activados en diferentes partes del juego. En las versiones de consola, se puede cambiar a voluntad, pero algunos personajes no estan disponibles en algunas ocasiones.
En la versión para PC, todos los personajes tienen acceso a los hechizos Lumos, Alohomora, Rictusempra, Espongificación y Depulso, mientras que en las versiones de consola, los dos únicos hechizos universales son Flipendo y Expelliarmus.
Harry Potter: Harry es el único personaje del juego que puede saltar a través de abismos, es el que corre más rápido y sólo él tiene acceso al Mapa del Merodeador. Harry tiene Carpe Retractum como hechizo exclusivo en las versiones de consola, Glacius en la versión de PC y Expecto Patronum en ambos. Harry es uno de los dos personajes jugables que pueden viajar en Buckbeak, la otra es Hermione.
Ron Weasley: Puede abrir pasajes secretos y estanterías en búsqueda de artículos, así como usar de bombas fétidas y otros artefactos, pero tiene la menor potencia de hechizos. En la versión para PC, su hechizo exclusivo es Carpe Retractum, mientras que en la versión de consola, sólo tiene Lumos Duo. Ron es el único personaje jugable que no puede montar a Buckbeak (Buckbeak lo pateara si intenta montarlo).
Hermione Granger: Ella tiene el poder de tener mayor potencia de hechizos y tiene el mayor arsenal de hechizos, así como la capacidad para rastrear en espacios reducidos, pero es la que corre más lento. En las versiones para consola y PC, su hechizo exclusivo es Draconifors. En la versión para PC, su lista de hechizos exclusivos también incluye Lapifors, mientras que la lista de hechizos para las versiones de consola incluyen Glacius, Reparo y Snufflifors. Hermione es también uno de los dos personajes jugables que pueden viajar sobre Buckbeak, el otro es Harry.
Buckbeak: El hipogrifoBuckbeak es la mascota de Hagrid. Sólo es jugable cuando Harry o Hermione están volando en él.
Hedwig: Hedwig es la mascota de Harry. Se puede utilizar cuando Harry le da comida, pero solo en las versiones de consola.
Draco Malfoy: Lesionado en la primer clase de Cuidado de Criaturas Mágicas al principio del juego, lo que es fundamental para que el hipogrifo Buckbeak sea llevado a juicio como un "animal peligroso". En la versión de consola, bebe la poción multijugos para convertirse en Ron y engañar a Harry para que vaya a las mazmorra y lo empuja a un agujero.
Albus Dumbledore: El papel del director en el juego es el de revelar y contar los puntos totales de las casas.
Filius Flitwick: Funciona como profesor de Encantamientos.
Sirius Black: Tiene el mismo rol que en "El prisionero de Azkaban", injustamente condenado por el asesinato de trece personas y enviado a Azkaban. Padrino de Harry Potter.
Peeves: Su función es la misma que en juegos anteriores, aunque tiene diferentes colores y es más pequeño.
Flipendo: Noquea a los opositores hacia atrás, enciende interruptores y aturde a algunas criaturas. Todas las consolas puede utilizar esto.
Depulso: Actualización de Flipendo. Todos los ordenadores pueden utilizar esto.
Expelliarmus: repele hechizos ofensivos. Todas las consolas puede utilizar este.
Glacius: Congela salamandras y agua, y extingue el fuego. Este hechizo se aprende de la clase de DCAO en las versiones de consola y en clase de Encantamientos en la versión para PC. Solo Hermione puede utilizar este hechizo en las consolas, aunque sólo Harry puede en la versión del juego de PC.
Draconifors: Transforma estatuas de dragón en dragones reales que el jugador puede controlar. Este hechizo se aprende de la clase de Transformaciones o en el cuarto piso después del desafío Expecto Patronum. Sólo Hermione puede usar este hechizo.
Lapifors: Transforma las estatuas de conejo en conejos real. Este hechizo se aprende de la clase de Transfiguración. Sólo Hermione se puede usar este hechizo en la versión de juego de PC.
Lumos: Emite luz de la varita y revela pasadizos secretos (por lo general en una pared) que se pueden atravesar. Todos los ordenadores pueden utilizar esto.
Lumos Duo: Emite luz de una varita mágica, hace que Hinkypunks a su vez sólido, y las fuerzas de los espíritus necrófagos a retirarse. Sólo Ron puede usar este hechizo. Sólo en la versión de consola.
Reparo: Repara los objetos rotos. Sólo Hermione puede usar este hechizo. Sólo en las consolas.
Snufflifors: Hermione puede usar este hechizo para convertir libros en ratones. Este se debe comprar de la tienda de Fred y George. Todas las consolas puede utilizarlo.
Rictusempra: Aturde o destruye a ciertos enemigos. Todos los ordenadores pueden utilizar esto.
Carpe Retractum: atrae los objetos hacia el lanzador, o el lanzador hacia el objeto. Este hechizo se aprende en la clase de Encantamientos en las versiones de consola o en la clase de DCAO en la versión para PC. Sólo Harry puede usar este hechizo en las consolas, aunque Ron también en la versión del juego de PC.
Doxies: Criaturas azules voladoras que intentan morder y envenenar al jugador. Sus huevos se utilizan en ciertas pociones.
Hadas: Las alas son utilizados en ciertas pociones. Para obtener las alas, primero se las debe derribar con Flipendo , luego congelarlas con Glacius.
Salamandras de fuego: Lanzan fuego a menos que estén congeladas. Pueden ser derrotadas al apagar el fuego del que nacen y al congelar a las salamandras mismas.
Libros voladores: Muerden, pero pueden ser destruidos o conviertidos en ratones para obtener puntos de bonificación, grageas Bertie Bott, o tarjetas de magos famosos.
Ghouls: Por lo general inofensivas, pero lanzan objetos a su alrededor.Pixies
El Monstruoso Libro de los Monstruos: Más grande que los libros voladores, muerden y disparan páginas. Son inmunes a Snufflifors y sólo se los puede herir cuando son golpeados en la boca. Las páginas deben ser eliminadas con Rictusempra en la versión para PC. En las versiones de consola, puede ser derribado con Flipendo o las páginas pueden ser devueltas al libro con Expelliarmus.
Duendecillos: Disparan bolas de color azul eléctrico al jugador.
Gorros rojos: Lanzan pastillas de olor y noquean a los jugadores.
Pasteles de caldero: Se utiliza para comprar en la tienda de Fred y George, y vale más que todos los otros items. También le dan a los jugadores de la salud.
Bombas boñiga: Ron puede utilizarlas para distraer a los trolls.
Bombas Fetidas: Ron las usa para encestarlas en unas cosas que hay en las paredes para conseguir cromos.
Folio Bruti: Te da información sobre criaturas mágicas.
Empanadas de calabaza: Vale más, para comprar, que las grageas la tienda de Fred y George.
Cromos de Magos Famosos: Tarjetas de forma pentagonal, con magos y brujas famosos en ellos. Recogelas todas para recompensas.
Estatuas: Si Hermione encuentra las nueve estatuas alrededor de Hogwarts, Fred y George le darán tres capítulos de Las Fuerzas Oscuras: Una guía para la autoprotección, consiguiendo un capítulo por cada tres estatuas después de hablar con Fred y George. Cada capítulo se aumenta su capacidad de lanzar hechizos (versión PS2).